当前国际上甲型H1N1流感疫情蔓延，国内防控形势严峻，为在民航系统中做好防控工作、切实保障旅客身体健康、维护正常的运输生产秩序，中国民用航空局于2009年4月28日成立了民航防控甲型H1N1流感领导小组，李健副局长任组长。领导小组办公室设在飞行标准司，蒋怀宇司长主持工作，徐超群副司长、梅亮副巡视员协助开展日常工作。
    领导小组办公室执行24小时值班制度，除与相关单位保持信息畅通外，还对民航防控工作中的突发事件进行积极应对。
    防控办公室认真贯彻落实国务院防控甲型H1N1流感各项要求，要求民航各部门高度重视此次防控工作，积极应对、联防联控、依法科学处置，做好防控工作。
    随着国际疫情的发展，防控办公室在民航防控领导小组的领导下，先后协调中国国际航空公司和南方航空公司圆满完成向墨西哥运送援助物资的重大任务；根据国务院要求组织南航包机接运我在墨西哥的中国公民，同时协调各相关管理局、机场等民航单位做好墨西哥来华包机的保障工作。
    为了应对国内出现确诊或疑似病例后，可能需要航空运输防控甲型H1N1流感的样本，飞行标准司早做准备，要求民航各单位全面保障流感样本的运输工作，事实证明，这一措施在中国首现疑似病例后发挥了重要作用。
    在中国香港出现第一例疑似病例起，防控办就积极配合卫生部、质检总局等相关单位，协助收集查找相关旅客信息。在国内出现确诊病例之后，按照联防联控机制要求做好来华航班的整理统计工作，为相关部门的决策提供依据。
    针对民航系统有关单位普遍缺乏防控物资的现状，防控办紧急联系相关部门调拨防护物资和药品，目前这些物资已提供给国航、首都机场、西安咸阳机场、民航总医院等急缺物资的单位。
    民航局主要领导及防控领导小组成员按要求多次在深夜参加应对甲型H1N1流感国务院紧急会议、联防联控工作机制紧急会议，会后要求防控办公室连夜召开民航防控领导小组成员紧急会议，按照会议精神部署工作，各相关单位积极落实防控措施。
    5月12日，根据疫情发展情况，民航局下发通知要求各民航地区管理局、监管局、各运输航空公司、机场进一步加强航空运输应对甲型H1N1流感防控措施。民航各相关单位高度重视、认真落实相关精神，立即行动，各项措施已基本落实到位。